I forbindelse med ablasjonen blir man gjerne liggende på sykehuset 2-3 døgn.
Selve behandlingen tar fra 2-4 timer avhengig av hvilken metode man bruker og hvor enkelt det er å komme til. I denne tiden må man ligge stille på en behandlingsbenk.
Det er ikke vanlig i Norge å gi full narkose, men man kan få smertestillende og evt. beroligende medisin.
I lokalbedøvelse legges ledninger fra lysken og opp til hjertet, og man må stikke hull i skilleveggen mellom høyre og venstre forkammer for å komme til de områdene som er viktigst for atrieflimmer. Selve behandlingen innebærer at man skader vevet i venstre forkammers innside slik at uønskede elektriske impulser ikke får spredd seg.

Man kan enten bruke oppvarming (radiofrekvensablasjon), nedkjøling (kryoablasjon) eller «pulser» med et sterkt elektrisk felt («pulsed field ablation») til å lage de ønskede vevsskadene. Ved alle metoder forsøker man å hindre at impulser fra lungevenene når ut til forkammeret (lungeveneisolasjon).
Etter ablasjonen blir man gjerne på sykehuset til observasjon til neste dag, blant annet med tanke på komplikasjoner.
